福州港码头主要有:马尾港、罗星塔港区。
1.马尾港:位于闽江口南岸,是我国沿海的重要港口之一,其前身为马江海关监督署,建于清光绪三十年(1904),初称“马江关”,民国时改名“马尾海关”,1950年5月,马尾海关迁至马尾后洲岛上,现为中华人民共和国海关总署直属海关。2.罗星塔港区:位于马尾港东北方向,面积约10平方公里,由罗星塔作业区和马限山作业区组成。3.福州新港:福州新港是我省第二大深水良港,地处闽江下游出海口,与台湾隔海相望,是对外开放的重要窗口。